Za fluorescenčno mikroskopijo vzorec oddaja svetlobo. Kaj pa to? Z dodajanjem molekul barvila vzorcu. Molekula barvila je običajno vzburjena, ko absorbira svetlobno energijo, zato sprosti vso zajeto energijo kot svetlobo. Svetlobna energija, ki jo sprosti vzbujena molekula, ima daljšo valovno dolžino od svetlobe, ki jo seva. Molekule barvil so običajno fluorescenčne barve, ki fluorescirajo, ko so izpostavljene določeni valovni dolžini svetlobe. Oblikovana slika je iz nalepke fluorescentnega barvila, ki oddaja svetlobo
Načelo tega delovnega mehanizma je, da fluorescenčni mikroskop izpostavi vzorec ultravijolični ali ultravijolični svetlobi ali modri svetlobi in tako oblikuje sliko vzorca, ki jo oddaja fluorescenca. Imajo živosrebrno obločno svetilko, ki proizvaja intenziven žarek svetlobe, ki gre skozi vzbujevalni filter. Funkcija vzbujalnega filtra je prenašanje določenih valovnih dolžin na vzorec, obarvan s fluorescentnim barvilom, s čimer ustvari sliko oznake fluorescentnega barvila.
Za lečo objektiva je pregradni filter, katerega glavni namen je odstraniti kakršno koli UV sevanje, ki bi lahko bilo škodljivo za svetlobo opazovalca, in s tem zmanjšati kontrast slike.
Aplikacije zaFluorescenčna mikroskopija
Za vizualizacijo bakterijskih povzročiteljev, kot je Mycobacterium tuberculosis.
Uporablja se v tehnikah imunofluorescence za identifikacijo specifičnih protiteles, proizvedenih proti bakterijskim antigenom/patogenom z označevanjem protiteles s fluorescenčnimi barvili.
Uporablja se v ekoloških raziskavah za prepoznavanje in opazovanje mikroorganizmov, označenih s fluorescenčnimi barvili
Prav tako lahko razlikuje med mrtvimi in živimi bakterijami po barvi, ki jo oddajajo, ko jih obdelamo s posebnim madežem
Poleg zgoraj obravnavanih mikroskopov obstaja manj pogosto uporabljen mikroskop, imenovan diferencialna interferenčna kontrastna mikroskopija. Je zelo podobna mikroskopiji s faznim kontrastom, kjer sliko oblikujejo svetlobni žarki, ki so odklonjeni ali neodklonjeni. Razlika je v tem, da se tukaj dva svetlobna žarka usmerita na vzorec in fokusirata s prizmom. En žarek gre skozi prizmo, da doseže vzorec, medtem ko drugi žarek prehaja skozi prozorno območje stekelca brez vzorca. Oba žarka se nato združita in interferirata drug z drugim, da tvorita sliko. Uporablja se lahko za ogled celičnih struktur neobarvanih vzorcev, kot so endospore, celične stene bakterij, jedra in zrnca.
